采用SRAP分子标记对6个居群不同干形云南松180份样品进行全基因组扫描,并对不同干形特有差异条带进行克隆及测序比对,预测调控干形变异的候选基因。结果显示:14对引物共扩增出584条带,多态带551条,多态带百分率为94.35%,平均每对引物扩增出41.7条带和39.4条多态带。6个居群云南松的有效等位基因数（N_e）为1.451 6～1.487 2,Nei’s基因多样性指数（H）范围为0.270 3～0.290 4;2种干形云南松的有效等位基因数（N_e）介于1.365 5～1.454 1之间,Nei’s基因多样性指数（H）变幅为0.218 1～0.268 7。居群间的遗传分化系数(G_st)和基因流（N_m）分别为0.157 3和2.678 7,干形间的遗传分化系数(G_st)和基因流（N_m）分别为0.008 7和56.700 2,表明居群间、不同干形云南松间的基因交流频繁,遗传分化较小。对26条不同干形云南松之间的特有差异条带序列分析表明,过氧化氢酶（kat A基因）、核酸内切酶、糖基水解酶和AN1锌指蛋白（SAP6）等可能参与了云南松干形发育的调控。